Transkryptomika przestrzenna jest połączeniem profilowania ekspresji genów z charakterystyką morfologiczną tkanek. Jest to badanie umożliwiające identyfikację komórek oraz procesów w nich zachodzących na podstawie ich profilu ekspresji z jednoczesną możliwością lokalizacji tych profili w strukturze przestrzennej tkanki.
Dzięki temu można badać procesy zachodzące w przestrzeni tkankowej. Umożliwia to analizy procesów zachodzących w poszczególnych subpopulacjach komórek w tkankach pod wpływem czynników zewnętrznych np. leków lub toksyn jak również badanie wpływu procesów chorobowych na poszczególne elementy tkanki. Otwiera to również nowe możliwości w badaniu guzów nowotworowych, których niejednorodność jest czynnikiem utrudniającym badania.
Jako certyfikowany usługodawca platformy Visium, jedyny w Europie Środkowo-Wschodniej z tytułem Certified Service Provider (CSP), oferujemy kompleksowy proces realizacji projektów transkryptomiki przestrzennej obejmujący: Przygotowanie i ocenę tkanek; Sekcję tkanek świeżo mrożonych (FF) lub tkanek osadzonych w parafinie (FFPE); Przeprowadzenie protokołu Visium Spatial Tissue Optimization w celu określenia optymalnych warunków dla każdej tkanki; Przeprowadzenie protokołu Visium Spatial Gene Expression, w tym również sekwencjonowania; oraz wizualizację i analizę danych z użyciem programu Space Ranger.
Oferujemy kilka możliwości realizacji eksperymentu Visium w Innowacyjnym Centrum Medycznym – od całościowego wykonania projektu, przez pomoc naszego wykwalifikowanego personelu przy doświadczeniu, po dostarczenie odczynników oraz udostępnienie niezbędnej infrastruktury. Poniżej prezentujemy przybliżone ceny, jednak ze względu na złożoność procesu Visium, dokładna cena ustalana jest indywidualnie po omówieniu projektu.
Skontaktuj się z nami w celu zawarcia umowy.
| Element procesu | Liczba próbek | Cena brutto w PLN |
|---|---|---|
| Prekwalifikacja próbek (trimming, barwienie H&E, ocena RIN) | 1 | 1 192,31 |
| 4 | 1 801,20 | |
| Optymalizacja tkanek z pomocą 10x Visium | 1 | 10 892,24 |
| 10x Visium (FF) | 1 | 17 130,4* |
| 4 | 62 055,08 | |
| 10x Visium (FFPE) | 1 | ** |
| 4 | ** | |
| Ocena jakości po stworzeniu bibliotek (KAPA library quantification kit) | 1 | 781,41 |
| 4 | 1 053,91 | |
| Ocena jakości po stworzeniu bibliotek + Sekwencjonowanie | 1 | 4 266,75 |
| 4 | 14 994,36 | |
| Sekwencjonowanie NGS | 1 | 3 485,34 |
| 4 | 13 941,36 | |
| Obróbka informatyczna danych sekwencjonowania NGS za pomocą programu Space Ranger | 1 | 312,00 |
| 4 | 1 248,00 | |
| Całość procesu | 1 | 33 793,7* |
| 4 | 90 990,88 |
